Metodický pokyn je závazný pro všechny programy v rámci ESI fondů, které jsou zastřešeny Dohodou o partnerství a jejichž řídicí orgán je v kompetenci ČR, s výjimkou kapitol specifikovaných pro vybrané fondy jako nezávazné a ustanovení, která jsou v tomto pokynu výslovně uváděna jako doporučující. Metodický pokyn byl vydán Ministerstvem pro místní rozvoj ČR původně ve dvou samostatných částech: 1. část dne 15. ledna 2014 na základě usnesení vlády ČR č. 44/2014 a 2. část dne 9. července 2014 na základě usnesení vlády ČR č. 536/2014.
Dosud poslední aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána ke dni 29. března 2017 s tím, že nabývá účinnosti k 1. květnu 2017. Aktualizace zahrnovala úpravu závaznosti metodického pokynu pro Program rozvoje venkova v návaznosti na usnesení vlády ČR č. 540/2015, úpravu vybraných oblastí implementace ESI fondů v návaznosti na aktualizace ostatních metodických dokumentů JMP, nově vydanou či aktualizovanou legislativu EK a na národní úrovni, zapracování metodického stanoviska č. 1 a 2 k MP monitorování, rozdělení dokumentu na část text, přílohy a soubory ve formátu MS Excel s datovými položkami výzvy, jednotlivých typů operací, veřejných zakázek, ke lhůtám a monitorování a vyhodnocování výzev, zpřesnění požadavků na monitorování a vyhodnocování jednotlivých oblastí implementace ESI fondů, upřesnění stávajících a zavedení nových datových položek pro potřeby řízení implementace ESI fondů, úpravu struktury a obsahu vybraných zpráv a informací o implementaci na úrovni Dohody o partnerství, programů a jednotlivých typů operací a také za jednotlivé subjekty implementační struktury, zejména pak zpřesnění plnění jednotlivých tabulek, které tyto zprávy a informace obsahují, doplnění metodických doporučení pro plnění textových polí, doplnění požadavků pro programy a operace spolufinancované v cíli Evropská územní spolupráce a vypuštění kapitoly k monitorování veřejné podpory.
K metodickému pokynu bylo dne 24. července 2017 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 3 ve věci doplnění nových datových položek k veřejným zakázkám a úprava některých stávajících položek, vypuštění kapitoly o veřejných zakázkách ze zpráv a informací o realizaci projektu, úpravy povinnosti ve vykazování přepočtu CBA na nepovinnou a zavedení nové datové položky pro integrované projekty. Metodické stanovisko nabývá účinnosti k 1. září 2017.
K metodickému pokynu bylo dne 27. července 2017 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 4 ve věci zavedení zjednodušené tiskové verze Strategického realizačního plán na rok n a Pololetního / Ročního vyhodnocení strategického realizačního plánu na rok n pro předložení a projednání na MV (dále SRP a jeho vyhodnocení). Metodické stanovisko nabývá účinnosti k 1. září 2017.
K metodickému pokynu bylo dne 27. listopadu 2017 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 5 ve věci ve věci výroční zprávy o implementaci programů, informace o řízení rizik, integrovaných projektů, dat za program spolufinancovaný z EZFRV v MS2014+, firemních proměnných a veřejných zakázek. Metodické stanovisko nabývá účinnosti od 1. ledna 2018.
K metodickému pokynu bylo dne 17. července 2018 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 6 ve věci žadatelů/příjemců coby fyzických osob a vymezení běžících operací. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dne 2. srpna 2018.
K metodickému pokynu bylo dne 23. července 2018 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 7 ve věci zvláštního postupu administrace Zprávy o realizaci fondu fondů v MS2014+ v případě, kdy správcem fondu fondů je Evropský investiční fond. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dnem jeho vydání.
K metodickému pokynu bylo dne 23. listopadu 2018 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 8 ve věci umožnění podání zprávy o realizaci finančního nástroje/fondu fondů v mimořádném termínu. Metodické stanovisko nabývá účinnosti dnem jeho vydání.
K metodickému pokynu bylo dne 30. ledna 2019 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 9 ve věci změn ve vykazování plnění výkonnostního rámce programů, úpravy vzoru pro Zprávu o pokroku implementace Dohody o partnerství a změn v administraci Zprávy o udržitelnosti projektu a Informace o pokroku v realizaci projektu.
K metodickému pokynu bylo dne 9. května 2019 vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 10 ve věci úpravy a upřesnění vzoru Výroční zprávy o implementaci programů pro Cíl Investice pro růst a zaměstnanost a pro Cíl Evropská územní spolupráce spolufinancovaných z Evropského fondu pro regionální rozvoj, Fondu soudržnosti a Evropského sociálního fondu, a upřesnění vzoru Výroční zprávy o implementaci programu spolufinancovaného z Evropského námořního a rybářského fondu , a dále změny týkající se Strategického realizačního plánu na rok n a jeho vyhodnocení.
Dne 18. prosince 2019 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 11 ve věci doplnění specifického postupu přepočtu dat předávaných do Evropské komise ve Výroční zprávě o implementaci finančních nástrojů. Metodické stanovisko bylo vydáno s okamžitou účinností.
S účinností od 7. října 2020 vydalo ministerstvo pro místní rozvoj k metodickému pokynu Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 12 ve věci umožnění flexibilního podávání mimořádných Zpráv o realizaci finančního nástroje/fondu fondů v návaznosti na pandemii Covid-19.
K metodickému pokynu bylo dne 23. října 2020 s okamžitou účinností vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 13 ve věci změny podmínek revize Dohody o partnerství a revize programů, upuštění od přezkumu a aktualizace předběžného posouzení při změnách FN / FF, odložení termínu pro odevzdání VZ programu a VZ FN / FF za rok 2019, umožnění evidence projektů zasažených pandemií onemocnění covid-19 v systému MS2014+ a změny procesu projednávání Zprávy o plnění evaluačního plánu Dohody o partnerství.
Dne 6. října 2023 bylo s okamžitou účinností vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 14 ve věci doplnění přílohy č. 28a Závěrečná zpráva o implementaci programu v cíli Investice pro růst a zaměstnanost do metodického pokynu a úpravy kapitoly 9.1 s názvem Výroční/Závěrečná zpráva o implementaci programu.
K metodickému pokynu bylo dne 16. listopadu 2023 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 15 ve věci doplnění konečného termínu pro předkládání Strategického realizačního plánu v programovém období 2014-2020 a dále úpravy frekvence konání Monitorovacích výborů programů po roce 2023. Metodické stanovisko bylo vydáno s okamžitou účinností.