Metodický pokyn byl vydán dne 16. prosince 2021 v souladu se zákonem č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, ve znění pozdějších předpisů, a dále usnesením vlády ČR ze dne 29. dubna 2019 č. 284 o Jednotném národním rámci pravidel a postupů v rámci Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu+, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu v programovém období 2021-2027. Účinnost metodického pokynu je od 1. března 2022.
Dne 21. července 2022 byla vydána aktualizovaná verze Metodického pokynu společných procesů implementace fondů EU. Důvodem je především v části monitorování zpřesnění a doplnění pravidel či výjimek monitorování v oblasti finančního řízení, výkonnostního rámce, kategorií intervencí a typů intervencí, horizontálních principů, projektů, administrativní kapacity a také zpřesnění nastavení zpráv o implementaci na úrovni Dohody o partnerství, programů (předávání údajů dle čl. 42 obecného nařízení) a projektů. V části řízení rizik byla doplněna kapitola koordinace reakcí na prováděné audity a ostatní vybranou komunikaci s EK, kde jsou stanoveny role jednotlivých subjektů, které jsou do této činnosti zapojeny. Dílčí úpravy proběhly také v části monitorování veřejné podpory a části řídicí dokumentace, ve které proběhla právě úprava přílohy č. 6 – Vzorový statut a jednací řád monitorovacího výboru. Současně také bylo upřesněno, že celý metodický pokyn má doporučující charakter pro programy v cíli Evropská územní spolupráce. MP společných procesů vstupuje v platnost dne 21. července 2022, a nabývá účinnosti dne 1. září 2022, a to z důvodu zajištění souladu metodického prostředí a nastavení monitorovacího systému MS2021+, s výjimkou kapitoly 4.3.6 „Horizontální principy“, jež vstupuje v účinnost dne 21. července 2022.
K metodickému pokynu bylo dne 29. června 2023 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 1 ve věci doplnění kapitoly týkající se Základních podmínek a úpravy pravidel a postupů pro provádění změn programů. Účinnost metodického stanoviska byla stanovena od 1. srpna 2023.
Dne 26. února 2024 byla vydána verze 3 metodického pokynu s účinností od 1. května 2024. Aktualizovaná verze pokynu upřesňuje pravidla finančního řízení s ohledem na skutečnost, že všechny řídicí orgány uvádí alokaci programu pro rok 2021 jako nulovou, dále zavádí pojem „dodatečné předběžné platby“, doplňuje atributy projektů ve vazbě na povinnosti vyplývající z přílohy XVII obecného nařízení, upravuje termín pro zpracování predikcí čerpání pro klíčové stavy čerpání finančních prostředků, zpřesňuje obsah Roční zprávy o administrativní kapacitě, zpřesňuje postup pro revize programu s dopadem na očekávané výsledky Dohody o partnerství a dochází také k zapracování Metodického stanoviska č. 1.