Poslední aktualizovaná verze metodického pokynu byla vydána dne 17. července 2018 s účinností od 2. srpna 2018.
Dne 20. února 2019 bylo s okamžitou účinností k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 2 konkrétně ke kapitole 4.5 Daň z přidané hodnoty.
K metodickému pokynu bylo dne 12. června 2019 s okamžitou účinností vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 3 ve věci určení maximální výše způsobilých výdajů při zohlednění jiných peněžních příjmů.
Dne 23. října 2020 bylo s okamžitou účinností vydáno Metodické stanovisko ministryně pro místní rozvoj č. 4 ve věci promítnutí vydaných metodických doporučení v návaznosti na opatření přijatá v souvislosti s nákazou COVID-19 a dalších dílčích úprav v oblasti časové způsobilosti výdajů a veřejné podpory.
K metodickému pokynu bylo dne 17. října 2022 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 5 ve věci dílčích opatření v oblasti způsobilosti výdajů zaměřených na řešení dopadů vojenské agrese Ruské federace proti Ukrajině. Stanovisko nabývá účinnosti ode dne svého vydání.
Dne 30. března 2023 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 6 ve věci změny v přístupu posuzování způsobilosti DPH. Metodické stanovisko bylo vydáno s okamžitou účinností.