Gestorem metodického pokynu je Centrální harmonizační jednotka Ministerstva financí, a to s ohledem na § 7 odst. 1 zákona č. 320/2001 Sb., o finanční kontrole ve veřejné správě a o změně některých zákonů.
Metodický pokyn, verze 1.0, byla vydána a nabývá účinnosti dne 1. 1. 2021.
V návaznosti na vydaný metodický pokyn vydalo ministerstvo financí doporučující příručku dobré praxe, která přináší věcný pohled na používané postupy a na to, jak je lze efektivně naplňovat.
Ministerstvo financí vydalo s účinností od 15. 11. 2021 Metodické stanovisko č. 1 k Metodickému pokynu CHJ č. 13 Kontrola finančních prostředků poskytovaných z EU fondů pro programové období 2021-2027. Toto Metodické stanovisko reaguje na novelu zákona č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek, která nabyla účinnosti k 1. 1. 2021. V této souvislosti upravuje přílohu č. 2 metodického pokynu CHJ č. 13, kontrolní otázky k veřejným zakázkám. Dále metodické stanovisko reaguje na schválení Nařízení Evropského parlamentu a Rady č. 2021/1060 ze dne 24. 6. 2021. V této souvislosti Ministerstvo financí vydalo aktualizovaný Metodický pokyn CHJ č. 13 Kontrola finančních prostředků poskytovaných z EU fondů pro programové období 2021-2027 ve verzi 1.1, ve znění Metodického stanoviska č. 1, který je účinný od 15. 11. 2021.
Dne 21. prosince 2023 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko č. 2, které je účinné od 1. března 2024. Předmětem stanoviska je zéjména aktualizace přílohy č. 2 „Kontrolní otázky k veřejným zakázkám“ v návaznosti na zákon č. 240/2022 Sb., kterým se mění zákon č. 69/2006, o provádění mezinárodních sankcí, ve znění pozdějších předpisů, a další zákony, účinný od 1. 9. 2022, a zákon č. 166/2023 Sb., kterým se mění zákon č. 134/2016 Sb., o zadávání veřejných zakázek ve znění pozdějších předpisů, účinný od 16. 7. 2023.
Dne 29. ledna 2026 bylo vydáno Metodické stanovisko č. 3, které je účinné od 1. dubna 2026. Předmětem stanoviska je čl. 3, bod 4 ve smyslu změny centrální evidence dotací CEDR III na rozpočtový informační systém zjednodušené evidence dotací. Dále toto metodické stanovisko upravuje přílohu č. 2 – Kontrolní otázky k veřejným zakázkám.