Metodický pokyn byl vydán dne 30. září 2021 v souladu se zákonem č. 248/2000 Sb., o podpoře regionálního rozvoje, ve znění pozdějších předpisů, a dále usnesením vlády ČR ze dne 29. dubna 2019 č. 284 o Jednotném národním rámci pravidel a postupů v rámci Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu+, Fondu soudržnosti a Evropského námořního a rybářského fondu v programovém období 2021-2027. Účinnost metodického pokynu je od 1. prosince 2021.
Dne 15. února bylo vydáno a nabylo účinnosti Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 1 k Metodickému pokynu Výzvy, hodnocení a výběr projektů v období 2021-2027. Důvodem vydání tohoto metodického stanoviska je potřeba umožnit řídícím orgánům vyhlásit výzvy (případně také zahájit příjem žádostí o podporu) ještě před oficiálním schválením programů Evropskou komisí, a to v oblastech, kde je z legislativních či z jiných opodstatněných důvodů nezbytné začít s implementací co nejdříve.
Dne 30. března 2023 bylo k metodickému pokynu vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 2 ve věci změny lhůty pro vydání navazující dokumentace k výzvám. Účinnost metodického stanoviska je stanovena od 1. června 2023.
K metodickému pokynu bylo dne 3. února 2025 vydáno Metodické stanovisko ministra pro místní rozvoj č. 3, které zavádí nový pojem "výzva FNN - úroveň EK" a poskytuje metodické zajištění mechanismu finančních toků mezi řídicím orgánem a Evropskou komisí prostřednictvím modulu "Výzvy" v MS2021+, což umožňuje implementaci financování nesouvisející s náklady v programovém období 2021-2027. Účinnost metodického stanoviska byla stanovena ke dni vydání.