Pravidla stanovená třetím vydáním Příručky pro české žadatele jsou platná pro projektové žádosti předložené k projednání na 6. zasedání Monitorovacího výboru, které se uskuteční zhruba ve 2. polovině roku 2009. Aktuální znění příručky včetně všech příloh je k dispozici v sekci Dokumenty.
Pro projektové žádosti předložené k projednání na 5. zasedání Monitorovacího výboru v březnu 2009 je platné druhé vydání Příručky pro české žadatele, které je umístěno v sekci Archív.
Příručka pro české žadatele je určena všem zájemcům o podporu z programu přeshraniční spolupráce Cíl 3 ČR - Bavorsko. Hlavní části příručky tvoří tyto tématické celky:
    - Informace o programu Cíl 3 ČR-BY
 
    - Základní pravidla realizace projektů
 
    - Příprava a odevzdání projektové žádosti
 
    - Přílohy předkládané s projektovou žádostí
 
    - Proces kontroly a hodnocení projektových žádostí
 
 
Úspěšným žadatelům, kteří získali dotaci z Programu, je určena Příručka pro české příjemce dotace (viz sekce Dokumenty). Tato příručka bude aktualizována 5. ledna 2009.