Vzhledem k tomu, že koordinace mezi operačními programy často zahrnuje specifické sektory jako např. V&V, životní prostředí, doprava, urbánní problematika, místní rozvoj, organizuje NOK vedle pravidelných jednání ŘKV rovněž jednání zaměřená na čtyři strategické cíle NSRR - koordinační výbory NSRR:
- Konkurenceschopná česká ekonomika
- Otevřená, flexibilní a soudržná společnost
- Atraktivní prostředí
- Vyvážený rozvoj území
Koordinační výbory NSRR byly zřízeny na základě usnesení vlády č. 1180 ze dne 22. října 2007, příloha 1, čl. 6 stejně jako na základě kapitoly 11.2 Národního strategického referenčního rámce. Tvoří platformu k diskusi a spolupráci mezi NOK, jednotlivými ŘO a partnery. Cílem činnosti koordinačních výborů není jen sledování dosaženého stavu čerpání a hodnocení dopadů intervencí, ale také odhalování případných nedostatků či slabých míst v implementaci SF/ FS.
Dle statutu ŘKV se Koordinační výbory skládají z členů ŘKV, případně z dalších odborníků, které navrhují členové ŘKV. V čele koordinačního výboru je vedoucí, kterým je zástupce NOK. Jsou svolávány dle potřeby.